コンソールを覗いたら、こんなメッセージで埋め尽くされていました。
メッセージからDock関連か!?と思って、DockのPreferenceを削除して再起動しても
一時的に消えるものの、”Spaces” を有効にして使っていると、ワークスペースを移動
する度に同じエラーが大量に出力されていました。 再起動後も変わらず。

11/05/19 xx:xx:xx com.apple.Dock.agent[1375] Thu May 19 xx:xx:xx Mac.local Dock[1375] <Error>: kCGErrorIllegalArgument: CGSSetWindowTransformAtPlacement: Singular matrix [nan 0.000 0.000 nan]

“Spaces”を無効にしていれば出力されないようですが、私的には必須の
機能なので使い続けます。

ググっていると、Virtual Boxの影響であるような記述もありますが、バージョンアップ
しても今のところ変化なし。しばらく調べてみようと思います。

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MacBook Pro 13 (Mid 2009)
Mac OS X 10.6.7